两者的区别有，第一，地址不同，江门站位于广东省江门市新会区江门大道，江门东站位于江门市江海区五邑路和东海路交界处，第二，途经线路不同，江门站经过广珠铁路、江湛铁路等，江门东站经过广珠城际铁路。

江门站为中国铁路广州局集团有限公司广州南站管辖的铁路车站，也是珠西地区“三主四辅”中的主要车站之一，总建筑面积约有25.45万平方米，站台规模为8台27线。

江门站主要分为客运站场和货场两部分，西侧为客运站场，由站房、站台线路、站前广场、落客平台、地下设施构成，东侧为货场，由配线、场库、装卸机械等构成。

江门东站，原名叫做广珠城际江门站，是广珠城际铁路江门支线的站场之一，与江海区行政中心毗邻，于2011年正式投入使用，2017年更名，站台规模为2台2线。